Este edificio fue construido en 1776 según proyecto de Francesco Sabatini, quien había recibido el encargo de Carlos III de construir el Palacio de los Secretarios de Estado, y varias de las dependencias administrativas ligadas a la función de este. El lugar elegido fue el solar situado junto al Colegio Convento de doña María de Aragón, hoy Palacio del Senado, frente al Real Monasterio de la Encarnación. El primer Secretario de Estado fue el marqués de Grimaldi, que nunca llegó a ocupar este edificio al ser sustituido por el Conde de Floridablanca, quien habitó el inmueble hasta 1792. Godoy, quien obtuvo el edificio en propiedad, lo amplió según proyecto de Juan Antonio Cuervo dotándolo también de una gran colección de obras de arte. Con la llegada de las tropas napoleónicas a Madrid en 1808, el palacete pasará a ser la residencia del general francés Joaquin Murat, gran Duque de Berg y cuñado de Napoleón, sufriendo en este periodo el expolio de las tropas francesas perdiendo por lo tanto buena parte de su antiguo esplendor. Tras la Guerra de la Independencia y con Godoy instalado en el Palacio de Buenavista, este pasó a ser la sede del Consejo del Almirantazgo hasta que en 1819 albergó las dependencias de la Biblioteca Real. En 1826 fue ocupado por las Secretarías del Despacho de Gracia y Justicia, Hacienda y Marina, hasta su traslado en 1846 a consecuencia de un incendio.

Permanecieron en el inmueble las dependencias del Ministerio de Marina, al que posteriormente se le agregarían las del Museo Naval. En 1941 se decidió instalar en el palacio el Museo del Pueblo Español y en 1977 se convertiría en el actual Centro de Estudios Políticos y Constitucionales. En 1962 fue declarado Monumento Histórico-Artístico y desde el 2000 tiene la consideración de Bien de Interés Cultural.